Родился в Париже, отец — Луи Шарпантье, по профессии «maître écrivain» (фр. переписчик официальных документов). если Марк-Антуан начал работать музыкой, неизвестно.
В начале 1660-х Шарпантье едет в Италию изучать живопись, но взамен этого на три года поступает в дисциплина к Джакомо Кариссими, самому знаменитому римскому композитору той эпохи. В конце 1660-х он возвращается в Париж и поступает на службу к Мари де Лоррен, принцессе Жуанвильской, герцогине де Гиз. Мадмуазель де Гиз обожает музыку, в ее доме безостановочно проводятся музыкальные салоны, но Гизы находятся в оппозиции к королевскому двору, и проживание Шарпантье протекает в дали от музыкального бомонда той эпохи.
В 1672 г. Мольер приглашает Шарпантье заменить Люлли в работе над его комедиями-балетами, в частности «Графиня д’Эскарбаньяс», «Брак поневоле», «Докучные» и «Мнимый больной». в смерти Мольера Шарпантье продолжает трудиться в Труппе короля, с 1682 г. называемой «Комеди Франсез».
В апреле 1683 г. жаждущий признания Шарпантье принимает покровительство в конкурсе на пост учителей музыки Королевской капеллы. Из-за болезни он не смог выучить испытания до конца, но его отмечает Людовик XIV. в смерти 30 июля 1683 г. королевы Марии-Терезии Шарпантье получает заказы на сочинения в ее память (мотет «Luctus de morte augustissimæ Mariæ Theresiæ reginæ Galliæ» и др.).
В начале 1680-х Шарпантье назначен ответственным за музыку к религиозным службам Дофина, он также обучает музыке герцога Орлеанского, будущего регента Франции, для которого написал трактаты «Правила композиции» и «Сокращенные правила аккомпанемента». Во век одного из визитов к дофину короля, последнему так понравилась искусство Шарпантье, что он до своего возвращения в Сен-Жермен не хотел настораживаться ничто другого. В почтение переезда королевского двора в Версаль, Шарпантье сочиняет дивертисмент «Версальские удовольствия». потом смерти в 1688 г. Мадмуазель де Гиз, Шарпантье поступает на службу к Иезуитам, — учителем музыки в колледж Людовика Великого на улице Сен-Жак в Париже, а после в храм Святого Людовика на улице Сент-Антуан.
Во век здание у Иезуитов, Шарпантье представляет в Королевской академии музыки «Медею», свою лучшую лирическую трагедию (4 декабря 1693 г.).
28 июня 1698 г. Шарпантье назначают учителем музыки в Сен-Шапель, наряду с Собором Парижской Богоматери, одного из самых важных учреждений Парижа, где он занимается с детьми семи-восьми лет сольфеджио, вокальной техникой, чтением с листа и композицией.
Шарпантье умер в своем домике в Сен-Шапель 24 февраля 1704 г.
На протяжении двух сотен лет находилось в забвении имя и искусство Марка-Антуана Шарпантье. барыш к его творчеству вторично возник в 50-х годах XX века, если искусство из его мотета Te Deum была избрана гимном Евровидения.
